Des écarts de l'ordre de quelques centimes sur une période de temps donnée peuvent s'expliquer simplement par une différence d'approche dans les calculs. L'approche purement mathématique contre l'approche du système monétaire.
Pour rappel, la TVA est due et doit être calculée sur la vente de chaque article unitaire, selon le système monétaire en vigueur c'est à dire sur 2 décimales.

Ainsi, la caisse calcule pour chaque vente la TVA associée en tronquant à 2 décimales.
Ainsi, prise ligne par ligne la TVA tombe légalement juste, mais mathématiquement il peut subsister de minimes écarts.

C'est la somme de ces écarts que vous voyez en observant votre activité sur de longues périodes.

Nous pouvons résumer comme suit : "La troncature d'une somme n'est pas forcément égale à la somme des troncatures"

Mathématiquement :
total TVA = TTC - (100*TTC)/(100+TauxTaxe)

Imaginons un article "Patate douce" avec un prix de 1€ et TVA à 5,5%.

1 vente de 1 article
​
total TVA mathématique = 1-(100*1)/(100+5,5)
total TVA mathématique = 0,05213€
total TVA de la caisse = 0,05€ tronqué sur 2 décimales

100 ventes de 1 article
​
total TVA mathématique = 100*(1-(100*1)/(100+5,5))
total TVA mathématique = 5,21327€
total TVA de la caisse = 100* total TVA pour 1 article = 100*0,05€ = 5€

Certains outils tels qu'Excel ou Numbers selon la manière dont ils sont configurés peuvent vous afficher visuellement un résultat tronqué dans une cellule mais prendre en compte la valeur exacte lors des calculs.
Ainsi si vous appliquez une fonction sur une cellule, faites attention à vérifier si la valeur retenue pour le calcul est celle que vous voyez ou bien une valeur avec beaucoup plus de décimales.